立法院台聯黨團周委員倪安於本(103)年7月8日偕同3位台商代表召開記者會，質疑兩岸投保協議簽署後，台商在大陸福建省之投資糾紛仍時有所聞，且多未能妥善解決；期盼刻正來台訪問之福建省委書記尤權正視此一事實、傾聽台商心聲，並盼我政府重視在大陸投資台商之權益。
兩岸在政經制度及法令規章方面均有相當差異，台商前往中國大陸投資，多年來屢屢發生投資糾紛。以往台商赴陸投資發生糾紛時，大多透過當地人脈或台商協會協助，自兩岸「投保協議」簽署、生效後，已為台商投資權益提供一更為穩定且透明之保障制度，我方亦可具體反映台商訴求，並促請陸方積極協處。
經濟部指出，投保協議對於「人民-人民(P-P)投資糾紛」新增台商在兩岸仲裁機構及雙方同意仲裁地選擇之明文規範；在「人民-政府(P-G)投資爭端」方面，則已建立兩岸政府機構之行政協處平台，以強化台商投資權益保障。兩岸投保協議最主要之特點為依據國際發展趨勢，引入「替代性紛爭解決機制」(Alternative Dispute Resolution；ADR)，即透過與政府部門建立之行政協處模式，以協助當事人有效解決爭端。
與會台商指出，赴陸投資風險頗高且不確定性因素多，台商權益難以保障；針對此節，經濟部表示，處理台商投資糾紛，一向以台商權益保障為優先考量，且積極徵詢專家意見，以對台商最有利之方式與大陸進行協商。另為加速協處案件處理進度，目前雙方每3個月召開工作會議，定期檢視投保協議之執行成效及落實情形。此外，兩岸經合會投資工作小組會議每半年召開一次，以確保台商投資權益之維護。
經濟部統計，自協議簽署後截至103年6月止，我方送請陸方窗口行政協處之案件計110件，其中已完成行政協處者共36件，包括順利取得國土證、獲得徵收補償及排除圍廠事件等，協議成效已逐漸展現，其餘案件亦積極協處，並尋求解決方案中。其中涉及徵收補償者，因雙方對於補償方案與金額仍有歧見，且部分亦涉及土地之歷史遺留問題，仍須賡續與陸方釐清癥結點，因此需一定之協處時間。
由於我方與中國大陸之法治體制仍具差異性，部分台商可能忽略相關投資法令與風險；經濟部為期未雨綢繆及防患未然，特就投資大陸常見之法律問題，編印應注意事項及案例說明手冊，廣為發送台商參考，並與海基會及各產業公會辦理研討會，以加強宣導。此外，經濟部亦針對台商在大陸投資常見之通案問題，如圍廠爭議處理、拆遷補償程序等，與陸方加強溝通、交換意見，促請陸方積極重視台商權益之保障，並落實投保協議之精神，以提供台商充分之投資保障及安全。
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